Misteriosas criaturas voadoras conhecidas como Zai aparecem de repente, e para lutar contra as criaturas, a humanidade cria aviões de caça chamados ‘Daughters’, assim como o mecanismo automático de luta ‘Anima’, que tem a forma de garotas humanas. A história é centrada em um jovem chamado Kei Narutani, que anseia por voar, e um Anima considerado o trunfo da humanidade, uma garota chamada Gripen.
